Kõigi kaitsealuste liikide ja alade kaitset korraldatakse Keskkonnaministeeriumi eestvõtmisel spetsiaalse kava järgi ning igale Natura elupaigatüübile (või nende rühmadele) tuleb koostada tegevuskava. Soode ja pärandkooslustega seotud elupaikade tegevuskavad on valminud varem ja nendega saab tutvuda siin. Metsaelupaikade tegevuskavad valmivad aga projekti "Loodusrikas Eesti" käigus ning eraldi on koostamisel märgade metsaelupaikade ja kuivade metsaelupaikade tegevuskava, sest probleemid ja nende lahendamiseks vajalikud tegevused on neil mõnevõrra erinevad. 

2023. aasta kevadel laiemale konsultatsiooniringile jõudev märgade metsaelupaikade tegevuskava analüüsib märgade metsade halva seisundi põhjusi ja kavandab edasisi tegevusi. Kava pakub välja erinevaid kaitsekorralduslikke tegevusi, sh kaitsevööndite ümbertsoneerimist, uusi elupaikade inventuure, loodusliku veerežiimi taastamist, raie-eeskirjade kujundamist ning maastiku tasemel liikide levikut võimaldava ökovõrgustiku planeerimist.

Märgade metsade tegevuskava peab olema Keskkonnaameti direktori poolt kinnitatud 2023. aasta lõpuks.

Kuivade metsaelutüüpide tegevuskava hakatakse looma 2023. aasta kevadel ning vastavalt tegevuskavadele taastab RMK 2027. aastaks 3500 ha soo-lehtmetsi ja 500 ha kuivi metsi. 

Märgade metsaelupaikade ohutegurid

Märja metsa seisund halveneb enamasti mitme ohuteguri ühendmõjul. Neist kõige suurema mõjuga on metsakuivendus ja -raie.

Kuivendus on Eestis ulatuslik: ligi kolmandik metsamaast on kuivendatud. Soometsi on Eestis alla 7% maismaapinnast, kuid kuivenduse tagajärjel tekkinud kõdusoometsi on 15%. Suur osa praegustest soometsadest on kuivendusest mõjutatud, seda ka kaitsealadel. Kuivenduse tagajärjel hakkab turvas lagunema, ajapikku muutuvad ala niiskusrežiim ja elupaiga omadused ning ala lakkab toimimast soona.
Kuivendus muudab ka taimestikku. Niiskuse vähenemise tõttu kahaneb sootaimestiku katvus ja asemele tulevad kuivema ala taimed. Kuivenduse tagajärjel hakkavad puud kiiremini kasvama ja puistu tiheneb, sellest tingitud valguse vähenemise tõttu kaovad valgusnõudlikud sooliigid.

Kahaneb ka looduslike veekogude hulk ja üleujutusi esineb harvem, mille tõttu kaovad nendega seotud elupaigad.

Suurel osal kaitsealadest on minevikus metsi ka raiega majandatud ning piiranguvööndis tehakse seda sageli praegugi. Siiski on teada, et uuendusraie ja järgnev metsauuendus muudavad enamasti puistu koosseisu ning struktuuri looduslikust erinevaks. Ka hooldusraie ühtlustab puistu struktuuri: alles jäetakse võimalikult ühesugused ja korrapärase asetusega puud. Raie vähendab ka surnud puidu kogust ja selle teket tulevikus.

Vahel on looduskaitseala elupaiga seisundi parandamiseks tarvis muuta majandamist hoopis kaitseala ümbruses. Eriti kuivenduse mõjud ulatuvad kaugele. Näiteks Soomes on hinnatud, et ka 80% kraavideta märgalasid on siiski kuivendusmõjudega.

Märga metsaelupaika ohustavad veel kliimasoojenemisega seotud protsessid, turba kaevandamine ja kohatine liiga suur külastuskoormus.

Lahendusi eespool toodud probleemidele püütaksegi leida tegevuskavas. Selleks võidakse teatud aladel kaitsekorda muuta, seadusi täiendada või mingis ulatuses taastamistegevusi rakendada.